人体内的细菌数量比细胞还多，这也就意味着益生菌这种有益细菌能在整个代谢过程中起很大作用，如果在进餐时补充大量减肥益生菌，它们对食物的消耗将远远 超过你的身体对食物的利用，你吞下的食物很少会被真正吸收来达到减肥的效果。
美国华盛顿大学的研究人员发现，肠内微生物的组成可能会影响我们的体重，使得有些人总是吃不胖。研究人员指出，人体里就有一个巨大但不断变化的微生物群体，它们大多数生活在肠道，其他大部分存在于口腔、食管、胃和上呼吸道。华盛顿大学和斯坦福大学的研究人员在3个健康人的肠道里发现了至少395种微生物，这些微生物 也会参与消化，产生能量。 “有些人肠道中的微生物提供能量的效率比另一些人的强，他们就更容易长胖。”这项研究的负责人戈登认为，食品中的能量成分并不是一个固定值。一杯含110千卡的饮料，其能量可能受到肠道内微生物的影响，有些人会全部吸收，另一些人吸收的可能少一些。如果人们每天吸收的与消耗的热量相差25千卡，那一年就可能增加或者减少2磅多。
益生菌作为肠道共生菌，可设法改变肠内微生物的组成，可能是改变体重的一个办法。益生菌或者其他控制微生物的战略， 来降低肠内微生物提供能量的效率，具有调节生物体脂肪代谢水平的能力，通过活菌肠道定殖帮助人们长效减肥并具有改变肥胖体质之功效。
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